Разнообразные мобильные устройства – смартфоны, планшеты и т.п. – стали практически неотъемлемым спутником человека. Неудивительно, что с каждым годом растет круг приложений для них на самые разные случаи жизни. Но если фото, сделанным с помощью смартфона или отправкой почты через планшет, никого не удивишь, то использование этих гаджетов для научной работы – дело достаточно новое. Сейчас это направление бурно развивается, и новосибирские генетики стараются идти в ногу со временем. Ими было представлено приложение SeedCounter, которое измеряет фенотипические параметры зерен пшеницы.
– Когда изучают урожайность разных сортов пшеницы, одним из этапов анализа является подсчет количества зерен в колосе растения. – рассказал заведующий лабораторией эволюционной биоинформатики и теоретической генетики ФИЦ «ИЦиГ СО РАН» Дмитрий Афонников. – Как правило, это проводится вручную, что отнимает в полевых условиях немало времени. И при этом мы узнаем только количество зерен в колосе. Наш программный продукт позволяет автоматизировать этот процесс и значительно расширить объем первичной информации.
Как объяснили разработчики, теперь все, что требуется – поместить зерна на белый лист бумаги и сфотографировать их. А дальше программа сама проведет подсчет, масштабирование и обмеры зерен, а затем – оформит результаты в виде готового отчета. Причем, сделает это не только быстрее человека, но и с большей степенью точности.
Потенциальных клиентов у такого программного продукта немало. Это не только биологи из научных экспедиций, но и сотрудники многочисленных селекционных станций. А в перспективе – и агрономы сельхозпредприятий (которые тоже заинтересованы в анализе результатов использования того или иного сорта). И даже студенты и школьники, которые могут использовать его при выполнении своих проектных работ. Тем более, что приложение находится в открытом доступе.
– Мы понимали, что приложение заинтересует самых разных людей, – отмечает один из разработчиков приложения, к.б.н. Михаил Генаев. – Поэтому одним из требований стало добиться его совместимости с самыми разными мобильными устройствами, работающими на платформе Android, независимо от того, какие камеры и программы обработки изображения они используют. Кроме того, мы учли, что применять его будут в полевых условиях, и приложению для работы не требуется доступ в Интернет.
В настоящий момент работа над приложением завершена и ее итоги опубликованы в престижном научном журнале Frontiers In Plant Science. Приложение вызвало большой интерес – с Play Market в первый же месяц после публикации его скачало свыше тысячи человек. Поступили и первые положительные отзывы из Австралии, Индии, Китая.
Сотрудники лаборатории намерены и дальше работать в этом актуальном направлении. В их планах создание программы, которая будет по фотографии распознавать колосья пшеницы и проводить оценку их параметров. В числе других задач, разработка аналогичных продуктов по фенотипированию клубней картофеля.
Эти работы проводятся сотрудниками Института цитологии и генетики в рамках нового научного направления, которое называется феномика. Его цель – оценка фенотипических характеристик живых организмов с помощью программных и аппаратных средств, что позволяет достичь максимальной точности в получении информации и в разы ускоряет процессы ее сбора и обработки.
Пресс-служба ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН»
